Sistem Penjaminan Mutu di Universitas Ibn Khaldun Bogor melekat pada tugas struktural dengan mengacu pada visi dan misi, serta dilaksanakan mengikuti rencana strategi lima tahunan. Sejalan dengan harapan pemerintah bahwa setiap institusi yang menerima Hibah Kompetisi memiliki Unit yang melaksanakan Monitoring dan Evaluasi Internal, yang bertanggung jawab pada pimpinan universitas melalui Pembantu Rektor Bidang Akademik berdasarkan SK Rektor No 502/II/SK-602/05/2006 dan SK Yayasan No. 919/I/SK-LL/10/2006.

Dari evaluasi diri keberadaan unit ini setelah dua tahun didapatkan bahwa program monevin dapat terlaksana dengan baik namun program yang lain kurang maksimal, karena struktur organisasinya yang hanya berbentuk sebuah unit pelaksana teknis. Oleh karena itu sejak tanggal 1 April 2009, UPT-JM diubah statusnya menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) yang bertanggung jawab langsung pada Rektor dengan SK Yayasan No: 023/I/SK-LL/03/2009.

Perubahan Statuta Yayasan terhadap perubahan nama Lembaga Penjaminan mutu (LPM) menjadi Kantor Penjaminan Mutu dan Audit Internal (KPMA) yang ditetapkan pada tahun 2019 pada Statuta Yayasan Nomor : 03/PRT/PENG-YPIKA/2019 tanggal 12 Desember 2019

Pergantian struktural baru tahun 2025 dengan SK Yayasan Nomor: ../…/….-YPIK/2024 tanggal 11 Desember 2024 menitikberatkan perbaikan berkelanjutan di internal dengan fokus pengembangan sistem penjaminan mutu yang berbasis teknologi informasi dan komunikasi. Siklus penjaminan mutu dibuat secara sederhana, sistematis, dan berkelanjutan.